Séquençage du génome d’une victime de l’éruption du Vésuve // Sequencing the genome of a victim of the Vesuvius eruption

Le site de Pompéi n’arrête pas de révéler ses secrets, avec l’aide des scientifiques. C’est ainsi que l’ADN d’un homme victime de l’éruption du Vésuve, découvert à Pompéi, a pu être entièrement séquencé pour la première fois. C’est ce que nous apprend une étude publiée dans la revue Nature. Près de 2000 ans après la catastrophe, on en sait maintenant davantage sur le profil génétique de cet homme et de la population pompéienne de l’époque.

Le squelette a été excavé par les archéologuess dans les années 1930 dans la salle à manger de la Casa del Fabbro à Pompéi, près d’un triclinium, une sorte de chaise-longue utilisée à l’époque par les Romains pour les repas. L’homme, âgé de 35 à 40 ans, qui souffrait de tuberculose, a probablement été surpris en plein déjeuner par l’une des coulées pyroclastiques émises par le volcan. S’agissant de la date de l’éruption, on sait maintenant qu’elle a eu lieu au mois d’octobre 79, et non en août comme on le pensait précédemment. .

D’après les scientifiques, la position et l’orientation du corps laissent à penser que l’homme a dû connaître une mort instantanée. Les restes d’une femme âgée d’une cinquantaine d’années ont également été découverts à ses côtés, mais son ADN n’a pas pu être exploité complètement.

Des analyses avaient pu être effectuées par le passé sur les génomes de victimes, humaines et animales découvertes à Pompéi, mais elles étaient restées à chaque fois incomplètes, faute d’ADN entier. Cette fois, l’ensemble du profil ADN a pu être analysé par des chercheurs danois. Il s’agit d’une réelle prouesse scientifique car l’exploitation des restes d’une victime s’avère en général complexe dans le cas de Pompéi en raison de la température élevée des matériaux émis par le volcan. Toutefois, dans le cas présent, l’éruption a déposé une couche de cendre sur les cadavres, ce qui les a isolés et protégés dune probable dégradation.

Les scientifiques ont par ailleurs eu recours à des méthodes innovantes d’extraction et de séquençage de l’ADN. Ils expliquent qu’elles ont « considérablement augmenté la quantité de données pouvant être obtenues à partir d’échantillons auparavant inadaptés à la recherche génétique. » Les chercheurs ont pu s’appuyer en particulier sur des zones du corps où l’ADN a été très bien préservé : les dents, l’os de l’oreille interne.

Le travail des scientifiques a permis de mettre au jour le profil génétique de l’homme disparu dans la catastrophe de Pompéi. Comparé à celui de 471 profils de type eurasien de la même période, l’ADN du Pompéien est similaire à celui des peuples méditerranéens et proche-orientaux actuels, comme les Grecs ou les Turcs.

Cette découverte est la marque probable d’une « signature génétique » au sein de la population romaine, pourtant d’origines diverses, diffusée par l’Empire et encore présente aujourd’hui.

Les recherches dévoilent par ailleurs la présence d’une forme d’ADN « sarde ». En effet, certaines séquences du génome du Pompéien ne se retrouvent actuellement que chez les habitants de Sardaigne. Ces derniers sont donc probablement issus de populations d’Anatolie ou du Néolithique.

Source: Presse internationale.

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The site of Pompeii does not stop revealing its secrets, with the help of scientists. The DNA of a man, victim of the eruption of Vesuvius, discovered in Pompeii, could be fully sequenced for the first time. This was revealed by a study published in the journal Nature. Nearly 2000 years after the disaster, we now know more about the genetic profile of this man and the Pompeian population of the time.
The skeleton was excavated by archaeologists in the 1930s in the dining room of the Casa del Fabbro in Pompeii, near a triclinium, a kind of chaise-longue used at the time by the Romans for meals. The man, aged 35 to 40, who suffered from tuberculosis, was probably surprised in the middle of lunch by one of the pyroclastic flows emitted by the volcano. Regarding the date of the eruption, we now know that it took place in October 79, and not in August as previously thought. .
According to the scientists, the position and orientation of the body suggest that he must have experienced instantaneous death. The remains of a woman in her 50s were also discovered alongside her, but her DNA could not be fully exploited.
Analyses had been carried out in the past on the genomes of victims, human and animal discovered in Pompeii, but they had remained each time incomplete, for lack of whole DNA. This time, the entire DNA profile could be analyzed by Danish researchers. This is a real scientific feat because the exploitation of the remains of a victim is generally complex in the case of Pompeii because of the high temperature of the materials emitted by the volcano. However, in this case, the eruption deposited a layer of ash on the corpses, which isolated them and protected them from possible degradation.
The scientists also used innovative methods of DNA extraction and sequencing. They explain that they have « significantly increased the amount of data that can be obtained from samples previously unsuitable for genetic research. » The researchers were able to rely in particular on areas of the body where the DNA has been very well preserved: the teeth, the bone of the inner ear.
The work of scientists brought to light the genetic profile of the man who disappeared in the Pompeii disaster. Compared to that of 471 Eurasian-like profiles from the same period, the DNA of the Pompeian is similar to that of present-day Mediterranean and Near Eastern peoples, such as the Greeks or Turks.
This discovery is the probable mark of a « genetic signature » within the Roman population, yet of diverse origins, disseminated by the Empire and still present today. Research also revealed the presence of a « Sardinian » form of DNA. Indeed, certain sequences of the Pompeian genome are currently found only among the inhabitants of Sardinia. The latter are therefore probably from populations of Anatolia or the Neolithic.
Source: International Press.

Moulages de victimes de l’éruption du Vésuve dans l’Orto dei Fuggiaschi, le Jardin des Fugitifs, à Pompéi (Photo: C. Grandpey)

Volcans du monde // Volcanoes of the world

Voici quelques nouvelles de l’activité volcanique dans le monde:

Aucune émission de cendres ou activité explosive n’a été détectée sur le Semisopochnoi (Aléoutiennes/Alaska) depuis le 12 juin 2022. L’activité sismique se poursuit, mais à de faibles niveaux. C’est pourquoi la couleur de l’alerte aérienne et le niveau d’alerte volcanique ont été respectivement abaissés à Jaune et Advisory (surveillance conseillée). .
Source : AVO.

Source: AVO

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En raison d’une forte hausse de la sismicité, l’Agence météorologique japonaise (JMA) a relevé le niveau d’alerte pour Tsurumidake et Garandake (Japon) de 1 à 2 le 8 juillet 2022. Les habitants sont priés de ne pas s’approcher à moins de 1 km du volcan. Les autorités locales ont arrêté le téléphérique de Beppu, évacué Tsukahara Onsen et fermé la route préfectorale 616 près du volcan.
Tsurumidake et Yufudake appartiennent à un groupe de dômes de lave au-dessus de la célèbre station thermale de Beppu (Kyushu). Les coulées pyroclastiques ont dominé les éruptions plus anciennes, tandis que les dômes et coulées de lave ont été observéss lors des éruptions plus récentes.
La dernière éruption a eu lieu en l’an 867 (VEI 3).

 

Source: Smithsonian Institution

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Un touriste américain a été secouru après être tombé dans le cratère du Vésuve (Italie) en essayant de récupérer son téléphone. L’accident s’est produit le 9 juillet 2022. Les médias italiens ont expliqué que le jeune homme de 23 ans prenait un selfie au sommet du volcan mais son téléphone lui a échappé et est tombé dans le cratère. C’est en essayant d’atteindre l’appareil qu’il a fait une chute de plusieurs mètres dans la gueule du volcan.
Les guides du Vésuve, aidés par un hélicoptère de sauvetage, sont descendus en rappel dans le cratère pour tirer l’homme de sa fâcheuse position. Il a ensuite eu besoin de soins pour des blessures mineures.
Il convient de noter que le touriste et trois amis avaient emprunté un itinéraire interdit vers le sommet et font face à des poursuites. Chères vacances italiennes!
Source : médias d’information italiens.

Photo: C. Grandpey

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La situation reste inchangée sur le Sabancaya (Pérou) avec une vingtaine d’explosions par jour. Elles génèrent des panaches de cendres qui montent à 2 – 2,2 km de hauteur. la situation ne devrait pas évoluer dans les prochains jours.

Source: IGP.

Source: IGP

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C’est un peu de la routine au Kamchatka, mais l’événement mérite d’être signalé. Une puissante éruption a été observée sur le Karymsky le 13 juillet 2022 vers 10h50 (UTC). Le panache de cendre est monté jusqu’à une douzaine de kilomètres d’altitude. La couleur de l’alerte aérienne est maintenue à Orange.

Source: KVERT.

Cratère du Karymsky (Source: KVERT)

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Aucune évolution significative n’a été observée sur le Kilauea (Hawaii). La lave continue de s’échapper d’une bouche au bas de la paroi ouest du cratère de l’Halema`uma`u. Elle entre ensuite dans le lac de lave puis s’écoule sur le fond du cratère. Le niveau du lac est variable et des sorties de lave se produisent parfois sur les bordures.
Source : HVO.

Crédit photo: HVO

Le Parc National des Volcans d’Hawaii s’est agrandi le 12 juillet 2022 dans le cadre d’un accord qui protégera et gérera une plage de sable blanc et une baie océanique qui abrite des espèces menacées et endémiques, ainsi que des artefacts hawaiiens rares et d’une grande valeur culturelle. La majeure partie du littoral où se trouve la baie est constituée d’anciennes coulées de lave, de roches noires et de falaises qui tombent dans l’océan. La zone est également importante sur le plan culturel car elle possède des vestiges d’anciens villages hawaïens, des pétroglyphes, des sites funéraires et la plus grande carrière d’outils connue de l’État. Les responsables du Parc espèrent ouvrir un jour cette nouvelle zone au public, mais ses 68 kilomètres carrés resteront fermés aux visiteurs car le personnel du Parc national doit d’abord consulter des experts et la population locale pour mieux appréhender les différents sites culturels
L’ajout porte la superficie totale du Parc National à 1435 kilomètres carrés. Il est donc presque aussi grand que l’île d’Oahu.
Source : Presse hawaïenne.

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Des anomalies thermiques dues à des émissions de lave ont été détectées sur le plancher du Nyiragongo et du Nyiamuragira début juillet 2022 sur les images satellites.

Source: OVG.

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Le PHIVOLCS a abaissé le niveau d’alerte du Taal à 1 (sur une échelle de 0 à 5) le 11 juillet 2022. Au cours des deux mois précédents, l’activité sismique a retrouvé un niveau normal. On a observé de faibles émissions de gaz et une activité de surface mineure.

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L’activité n’est pas très intense sur le Stromboli (Sicile) ces jours-ci. Comme précédemment, des explosions stromboliennes sont observées dans les zones cratèriques nord et centre-sud. La hauteur des matériaux expulsés ne dépasse pas 30 à 60 mètres.

Source: INGV.

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Ces informations ne sont pas exhaustives. Vous en trouverez d’autres (en anglais) en lisant le bulletin hebdomadaire de la Smithsonian Institution :
https://volcano.si.edu/reports_weekly.cfm

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Here is some news of volcanic activity around the world :

No ash emissions or explosive activity have been detected at Semisopochnoi (Aleutians/ Alaska) since June 12th, 2022. Seismic activity continues, but at low levels. Thus the aviation colour code and the volcano alert level have been lowered to Yellow and Advisory, respectively.

Source: AVO.

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Because of a sharp increase in seismicity, the Japan Meteorological Agency (JMA) raised the alert level for Tsurumidake and Garandake (Japan) from 1 to 2 on July 8th , 2022. Residents are asked not to approach within 1 km from the volcano. Local authorities have stopped the Beppu Ropeway, evacuated Tsukahara Onsen, and closed Prefectural Road 616 near the volcanoes.

Tsurumidake and Yufudake belong to a group of lava domes above the popular hot spring resort city of Beppu (Kyushu). Pyroclastic flows dominated during older eruptions, whereas lava domes and lava flows are most common in more recent eruptions.

The last eruption took place in the year 867 (VEI 3).

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An American tourist was rescued after falling into the crater of Mount Vesuvius (Italy) trying to retrieve his phone. The accident happened on July 9th, 2022. Italian media said the 23-year-old had been trying to take a selfie at the summit when his phone slipped out of his grasp and into the crater. He tried to reach the device but then fell a number of metres into the mouth of the volcano.

Vesuvius guides, overseen by a rescue helicopter, abseiled into the crater to reach the man, who later needed treatment for minor injuries.

It should be noted that the tourist and three relatives had taken a forbidden route to the summit and face charges. They will have spent expensive holidays in Italy.

Source: Italian news media.

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It’s a kind of routine in Kamchatka, but it’s worth mentioning the event. A strong eruption occurred at Karymsky volcano at around 10:50 UTC on July 13th, 2022. The ash cloud rose up to about 12 km above sea level. The Aviation Color Code remains at Orange.

Source: KVERT.

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The situation remains unchanged at Sabancaya (Peru) with about twenty explosions per day. They generate ash plumes that rise up to 2 – 2.2 km high. The situation should not change in the next days.
Source: IGP.

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No significant evolution has beeen observed at Kilauea (Hawaii). Lava continues to effuse from a vent in the lower W wall of Halema`uma`u Crater. It enters the lava lake and flows onto the crater floor. The lake level is variable, and occasional lava breakouts occur along the margins.

Source: HVO.

Hawaii Volcanoes National Park was given new land on July 12th, 2022 in a deal that will protect and manage a pristine white sand beach and ocean bay area that is home to endangered and endemic species and to rare, culturally significant Native Hawaiian artifacts. Most of the coastline where the bay is located is made of ancient lava flows, black rock and sea cliffs that dart out into the ocean. The area is also culturally significant because it has remains of ancient Hawaiian villages, petroglyphs, burial sites and the largest known abrader tool quarry in the state, Park officials hope to eventually open the area up to the public, but the 68 square kilometers of land will remain closed to visitors as national park staff consult with local experts and residents to better understand the various cultural sites

The addition brings the total park size to 1435 square kilometers, almost as large as the entire island of Oahu.

Source: Hawaiian news media..

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Thermal anomalies caused by lava effusion were identified on the crater floors of both on Nyamulagira and Nyiragongo‘s crater floors in satellite images during the first half of July 2022. July.

Source: OVG.

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PHIVOLCS lowered the Alert Level for Taal to 1 (on a scale of 0-5) on July 11th, 2022. During the previous two months activity was characterized by background levels of seismic activity, weak gas emissions, and minor surface activity.

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Activity is not very intense at Stromboli (Sicily) these days. As before, Strombolian explosions are observed in the north and south-central crater areas. The height of the expelled materials does not exceed 30-60 meters.
Source: INGV.

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This information is not exhaustive. You can find more by reading the Smithsonian Institution’s weekly report:

https://volcano.si.edu/reports_weekly.cfm

Escapade en Campanie (5ème partie) : le Vésuve

Quand on parle de Naples et de la Campanie, on pense inévitablement au Vésuve dont le double sommet domine la conurbation napolitaine. Chaque fois que je conduis sur l’autoroute qui traverse la ville, je me dis que le réveil du volcan ne sera pas une mince affaire ! Ce jour-là – et il arrivera inévitablement – je souhaite bien du courage aux responsables de la Protection Civile italienne. Dans les années 1990, Franco Barberi – qui était à cette époque en charge de la structure – m’avait fait part de sa grande inquiétude s’il fallait évacuer la population. La Campanie n’est pas le Japon et la notion de discipline fait largement défaut dans le Mezzogiorno italien!

Pour le moment le Vésuve est calme et la visite de son cratère ne présente pas le moindre risque. Le gouffre attire quotidiennement des foules de touristes. Il faut toutefois savoir que rien n’est plus comme avant sur le volcan napolitain. Suite à l’épidémie de Covid-19, l’accès au cratère du Vésuve est très réglementé et ce n’est plus le foutoir d’autrefois. Les Napolitains ont fait de gros progrès en matière d’organisation et il faut s’inscrire en ligne (« online », un mot très à la mode en Campanie!) pour visiter le cône sommital et son cratère. Si vous ne l’avez pas fait, vous serez systématiquement refoulé. Vous trouverez les démarches nécessaires à cette adresse :

https://www.vesuvionline.net/visita-il-cratere/orari-e-biglietti

La morphologie du cratère est toujours la même. Il ne se passe rien, mais rien ne dit que le réveil ne sera pas soudain et violent…. En attendant, on peut toujours admirer la superbe vue sur la baie de Naples, en croisant les doigts…

Photos : C. Grandpey

Escapade en Campanie (1ère partie) : Pouzzoles et les Champs Phlégréens

Il y a quelques jours, j’ai profité des premières belles journées de printemps pour me rendre dans le sud de l’Italie afin de revoir le Vésuve, Herculanum et Pompéi, et surtout visiter le Musée Archéologique de Naples qui me semblait être un complément indispensable à la visite des cités antiques victimes de la fureur du Vésuve. J’avais choisi Pouzzoles comme première étape de ce périple en Campanie.

La ville de Pouzzoles est particulièrement intéressante d’un point de vue géologique car la région connaît des épisodes bradysismiques qui font se soulever et s’abaisser le sol au gré des mouvements de la chambre magmatique qui se cache à quelques kilomètres de profondeur. Les incrustations de coquillages sur les colonnes du Temple de Sérapis sont les témoins d’une époque où la mer avait envahi cet édifice.

Aujourd’hui, la région de Pouzzoles est en phase d’inflation, avec une vitesse moyenne de soulèvement d’environ 13 ± 2 mm par mois. L’ascendance enregistrée à la station GPS de Rione Terra à partir de novembre 2005 est d’environ 93,5 cm, dont environ 60 cm depuis janvier 2016.

Le phénomène s’accompagne de séismes dont certains peuvent être ressentis par la population. Ainsi, au cours du mois de mars 2022, l’INGV a enregistré 339 secousses dans le région des Champs Phlégréens, avec une magnitude maximale de M 3,6 et une profondeur maximale d’environ 3,7 km.

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A proximité de la ville de Pouzzoles, la Solfatara constitue la zone la plus active des Champs Phlégréens. Elle est surveillée comme le lait sur le feu car un réveil de ce volcan causerait des problèmes majeurs. Sa situation au sein d’une zone densément peuplée rendrait l’évacuation de la population très délicate.

Le cratère est situé sur une colline à 190 m d’altitude. Le paysage est lunaire, avec de nombreuses fissures dans le sol d’où s’échappent des fumerolles constituées essentiellement de vapeur d’eau et de gaz comme le CO2. La fumerolle principale, la Bocca Grande, présentait une température de 130-140°C quand je l’ai mesurée dans des années 1990. Aujourd’hui, l’INGV relève environ 90°C. Vous trouverez tous les paramètres concernant la Solfatara en cliquant sur ce lien :

https://www.ov.ingv.it/index.php/monitoraggio-e-infrastrutture/bollettini-tutti/bollett-mensili-cf/anno-2022-2/1064-bollettino-mensile-campi-flegrei-2022-02/file

Attention : la Solfatara est actuellement fermée au public depuis le tragique accident survenu en septembre 2017. Un couple de touristes et leur fils de 11 ans ont trouvé la mort en chutant dans une marmite de boue. Le gosse, âgé de 11 ans, a franchi une barrière de sécurité et a chuté dans une marmite de boue. Les parents ont alors tenté de le secourir mais ont chuté à leur tour dans la cavité. Elle était peu profonde et il est probable que la mort a été causée par les émanations de gaz. Depuis cet accident tragique, les autorités italiennes ont mis en place le sacro-saint principe de précaution, ce qui explique la fermeture du site.

Pour avoir une très bonne vue sur la Solfatara, je conseille d’emprunter la Via Coste d’Agnano qui longe le site et propose un très bon panorama dans sa partie haute. S’y rendre de préférence de le matin quand l’air ambiant, plus humide, permet de distinguer les différents sites fumerolliens. L’air sec de l’après-midi ne permet plus de voir grand-chose.

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La région de Pouzzoles présente d’autres points d’intérêt comme le lac d’Averno, choisi par Virgile pour y situer l’entrée des Enfers…

 

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Le visiteur pourra aussi grimper au sommet du Monte Nuovo et jeter un œil à l’intérieur du cratère, façonné par l’éruption du 29 septembre au 6 octobre 1538 qui a détruit le village médiéval de Tripergole et mis en fuite la population locale…

Photos : C. Grandpey