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Séquençage du génome d’une victime de l’éruption du Vésuve // Sequencing the genome of a victim of the Vesuvius eruption

Le site de Pompéi n’arrête pas de révéler ses secrets, avec l’aide des scientifiques. C’est ainsi que l’ADN d’un homme victime de l’éruption du Vésuve, découvert à Pompéi, a pu être entièrement séquencé pour la première fois. C’est ce que nous apprend une étude publiée dans la revue Nature. Près de 2000 ans après la catastrophe, on en sait maintenant davantage sur le profil génétique de cet homme et de la population pompéienne de l’époque.

Le squelette a été excavé par les archéologuess dans les années 1930 dans la salle à manger de la Casa del Fabbro à Pompéi, près d’un triclinium, une sorte de chaise-longue utilisée à l’époque par les Romains pour les repas. L’homme, âgé de 35 à 40 ans, qui souffrait de tuberculose, a probablement été surpris en plein déjeuner par l’une des coulées pyroclastiques émises par le volcan. S’agissant de la date de l’éruption, on sait maintenant qu’elle a eu lieu au mois d’octobre 79, et non en août comme on le pensait précédemment. .

D’après les scientifiques, la position et l’orientation du corps laissent à penser que l’homme a dû connaître une mort instantanée. Les restes d’une femme âgée d’une cinquantaine d’années ont également été découverts à ses côtés, mais son ADN n’a pas pu être exploité complètement.

Des analyses avaient pu être effectuées par le passé sur les génomes de victimes, humaines et animales découvertes à Pompéi, mais elles étaient restées à chaque fois incomplètes, faute d’ADN entier. Cette fois, l’ensemble du profil ADN a pu être analysé par des chercheurs danois. Il s’agit d’une réelle prouesse scientifique car l’exploitation des restes d’une victime s’avère en général complexe dans le cas de Pompéi en raison de la température élevée des matériaux émis par le volcan. Toutefois, dans le cas présent, l’éruption a déposé une couche de cendre sur les cadavres, ce qui les a isolés et protégés dune probable dégradation.

Les scientifiques ont par ailleurs eu recours à des méthodes innovantes d’extraction et de séquençage de l’ADN. Ils expliquent qu’elles ont « considérablement augmenté la quantité de données pouvant être obtenues à partir d’échantillons auparavant inadaptés à la recherche génétique. » Les chercheurs ont pu s’appuyer en particulier sur des zones du corps où l’ADN a été très bien préservé : les dents, l’os de l’oreille interne.

Le travail des scientifiques a permis de mettre au jour le profil génétique de l’homme disparu dans la catastrophe de Pompéi. Comparé à celui de 471 profils de type eurasien de la même période, l’ADN du Pompéien est similaire à celui des peuples méditerranéens et proche-orientaux actuels, comme les Grecs ou les Turcs.

Cette découverte est la marque probable d’une « signature génétique » au sein de la population romaine, pourtant d’origines diverses, diffusée par l’Empire et encore présente aujourd’hui.

Les recherches dévoilent par ailleurs la présence d’une forme d’ADN « sarde ». En effet, certaines séquences du génome du Pompéien ne se retrouvent actuellement que chez les habitants de Sardaigne. Ces derniers sont donc probablement issus de populations d’Anatolie ou du Néolithique.

Source: Presse internationale.

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The site of Pompeii does not stop revealing its secrets, with the help of scientists. The DNA of a man, victim of the eruption of Vesuvius, discovered in Pompeii, could be fully sequenced for the first time. This was revealed by a study published in the journal Nature. Nearly 2000 years after the disaster, we now know more about the genetic profile of this man and the Pompeian population of the time.
The skeleton was excavated by archaeologists in the 1930s in the dining room of the Casa del Fabbro in Pompeii, near a triclinium, a kind of chaise-longue used at the time by the Romans for meals. The man, aged 35 to 40, who suffered from tuberculosis, was probably surprised in the middle of lunch by one of the pyroclastic flows emitted by the volcano. Regarding the date of the eruption, we now know that it took place in October 79, and not in August as previously thought. .
According to the scientists, the position and orientation of the body suggest that he must have experienced instantaneous death. The remains of a woman in her 50s were also discovered alongside her, but her DNA could not be fully exploited.
Analyses had been carried out in the past on the genomes of victims, human and animal discovered in Pompeii, but they had remained each time incomplete, for lack of whole DNA. This time, the entire DNA profile could be analyzed by Danish researchers. This is a real scientific feat because the exploitation of the remains of a victim is generally complex in the case of Pompeii because of the high temperature of the materials emitted by the volcano. However, in this case, the eruption deposited a layer of ash on the corpses, which isolated them and protected them from possible degradation.
The scientists also used innovative methods of DNA extraction and sequencing. They explain that they have « significantly increased the amount of data that can be obtained from samples previously unsuitable for genetic research. » The researchers were able to rely in particular on areas of the body where the DNA has been very well preserved: the teeth, the bone of the inner ear.
The work of scientists brought to light the genetic profile of the man who disappeared in the Pompeii disaster. Compared to that of 471 Eurasian-like profiles from the same period, the DNA of the Pompeian is similar to that of present-day Mediterranean and Near Eastern peoples, such as the Greeks or Turks.
This discovery is the probable mark of a « genetic signature » within the Roman population, yet of diverse origins, disseminated by the Empire and still present today. Research also revealed the presence of a « Sardinian » form of DNA. Indeed, certain sequences of the Pompeian genome are currently found only among the inhabitants of Sardinia. The latter are therefore probably from populations of Anatolia or the Neolithic.
Source: International Press.

Moulages de victimes de l’éruption du Vésuve dans l’Orto dei Fuggiaschi, le Jardin des Fugitifs, à Pompéi (Photo: C. Grandpey)

Escapade en Campanie (5ème partie) : le Vésuve

Quand on parle de Naples et de la Campanie, on pense inévitablement au Vésuve dont le double sommet domine la conurbation napolitaine. Chaque fois que je conduis sur l’autoroute qui traverse la ville, je me dis que le réveil du volcan ne sera pas une mince affaire ! Ce jour-là – et il arrivera inévitablement – je souhaite bien du courage aux responsables de la Protection Civile italienne. Dans les années 1990, Franco Barberi – qui était à cette époque en charge de la structure – m’avait fait part de sa grande inquiétude s’il fallait évacuer la population. La Campanie n’est pas le Japon et la notion de discipline fait largement défaut dans le Mezzogiorno italien!

Pour le moment le Vésuve est calme et la visite de son cratère ne présente pas le moindre risque. Le gouffre attire quotidiennement des foules de touristes. Il faut toutefois savoir que rien n’est plus comme avant sur le volcan napolitain. Suite à l’épidémie de Covid-19, l’accès au cratère du Vésuve est très réglementé et ce n’est plus le foutoir d’autrefois. Les Napolitains ont fait de gros progrès en matière d’organisation et il faut s’inscrire en ligne (« online », un mot très à la mode en Campanie!) pour visiter le cône sommital et son cratère. Si vous ne l’avez pas fait, vous serez systématiquement refoulé. Vous trouverez les démarches nécessaires à cette adresse :

https://www.vesuvionline.net/visita-il-cratere/orari-e-biglietti

La morphologie du cratère est toujours la même. Il ne se passe rien, mais rien ne dit que le réveil ne sera pas soudain et violent…. En attendant, on peut toujours admirer la superbe vue sur la baie de Naples, en croisant les doigts…

Photos : C. Grandpey

Escapade en Campanie (4ème partie) : Pompéi

Au mois d’avril 2022, c’était la troisième fois que je visitais Pompéi. L’effet d’émerveillement de la découverte du site dans les années 1990 a disparu avec le temps, peut-être aussi parce que j’avais admiré la plus grande partie des fresques à l’intérieur du superbe Musée Archéologique National de Naples quelques jours auparavant. Au final, on se rend compte qu’il n’y a que peu de belles fresques sur le site de Pompéi. Pour couronner le tout, la fermeture de la Casa dei Vettii pour travaux laisse un très grand vide. A mes yeux, c’est de loin la plus intéressante de toutes les maisons sorties de la cendre. Si j’avais été informé de sa fermeture, pas sûr que j’aurais acheté un billet de visite du site.

Pourtant, grâce à la politique culturelle du gouvernement italien et aux fonds européens, les fouilles vont bon train à Pompéi et il ne se passe guère de mois sans que de nouvelles découvertes soient annoncées dans la presse italienne. En 2021, un superbe thermopolium à la façade abondamment décorée a été exhumé et un graffiti a permis de confirmer que l’éruption du Vésuve avait en lieu en octobre 79, et non en août comme on l’a longtemps pensé.

La technologie moderne a fait son apparition à Pompéi et beaucoup de guides vendus en librairie sont en retard à ce sujet. Il faut s’enregistrer par Internet (« online » est le mot très à la mode en Campanie!) pour avoir accès au thermopolium mentionné ci-dessus. C’est une très bonne idée pour réguler le flux de visiteurs. Encore faudrait-il préciser la démarche sur le site Internet de vente des billets d’entrée à Pompéi ! A ce niveau, la Campanie est un peu en retard. Il serait aussi souhaitable que, en plus de l’italien et de l’anglais, le français soit l’une des langues utilisables sur les sites de visites campaniens. Traditionnellement, les Français constituent une grande partie des visiteurs du Vésuve et de sa région. Les autorités italiennes semblent l’avoir oublié.

Au cours de mon périple, j’ai constaté que l’Italie du Sud avait fait des progrès en matière de discipline. Les motocyclistes portent le casque ; la ‘mascherina ‘ anti-Covid recouvre la plupart des visages ; il est vrai que cette partie de l’Italie a payé un lourd tribut et les gens ont compris qu’il fallait être prudent. A côté de cela, la conduite sur route reste instinctive ; les panneaux ‘Stop’ et la ligne médiane restent à la discrétion de chacun….

Photos : C. Grandpey

Escapade en Campanie (3ème partie) : Herculanum

Plus petite et moins populaire que Pompéi, Herculanum a, elle aussi, été détruite par l’éruption du Vésuve en l’an 79 de notre ère. Enfouie pendant des siècles dans une gangue volcanique, la cité romaine a été remise au jour à partir du 18ème siècle par les Bourbon-Deux-Siciles qui régnaient sur Naples.

 

Lorsque l’on pénètre à l’intérieur du site, on se rend vite compte de épaisseur de matériaux vomis par le Vésuve. C’est une véritable falaise qui domine les ruines.

 

Il faut s’imaginer qu’avant l’éruption, cette partie de la ville se trouvait sur le rivage et les hangars que l’on découvre à l’entrée servaient à ranger les bateaux. Lorsque les nuées ardentes se sont abattues sur Herculanum, la population a essayé de fuir par la mer mais n’en a pas eu le temps, comme on le pensait initialement. Les squelettes que l’on aperçoit à l’intérieur des hangars révèlent les souffrance subies par les habitants qui ont été figés sur place par les matériaux à très haute température.

Comme à Pompéi, les fouilles entreprises à Herculanum ont apporté une considérable connaissance de terrain sur la civilisation romaine au 1er siècle. Elles ont livré un matériel archéologique exceptionnel, en particulier en bois, et également des œuvres littéraires inconnues jusqu’alors, avec les papyrus de la bibliothèque de la vaste villa du même nom.

Si la notoriété d’Herculanum est éclipsée par celle de Pompéi, le site mérite une visite pour apprécier l’architecture d’une cité romaine et la conception des habitations. De toutes les cités ensevelies par l’éruption du Vésuve, c’est la mieux préservée. Certes, les fresques sont plus rares qu’à Pompéi, mais on les retrouve dans le Musée Archéologique de Naples.

Moins d’un quart de la cité antique d’Herculanum a été exhumé. Les fouilles se sont arrêtées là où commence la commune actuelle d’Ercolano. La majorité des monuments publics et religieux sont toujours recouverts par la ville moderne. La photo ci-dessous montre clairement trois niveaux : 1) le site de la ville antique surmonté par 2) la ville moderne, et 3) le Vésuve qui semble attendre son heure pour entreprendre une nouvelle œuvre de destruction…

Photos: C. Grandpey